真武庙位于泉州城东部石头山麓的晋江北岸，历史上这个区域是著名的法石港，码头密集，航运繁忙。主体格局形成于10世纪，现存为清代所建，依山面江、坐东朝西，院落式建筑群，包括山门、台阶、凉亭（拜亭）、大殿等。
公元10—14世纪，泉州九日山奉祀的第一代海神“通远王”，是出海人祈求信风的海神；真武庙奉祀的“真武大帝”，是出海人祈求航行平安的第二代海神；妈祖则是出海人遇险时，祈求拯救生命的第三代海神。三个海神各自承担不同的庇护功能。
真武大帝原本是中原地区道教神灵系统中的“北方（位）”守护神，因“北方”在中国五行学说中对应“水”，当时的泉州人认为真武大帝具有镇海、保平安能力，称之为“海神”，建庙供奉。
