杭州孔庙原为南宋临安府学所在地，始建于宋高宗绍兴元年（1131年）。此后府学除焚毁重建或规模增扩外，至光绪三十一年（1905年）废除科举制为止，一直是杭州的官办学府。
自棂星门而入，共二进：棂星门至大成门为第一进，大成门至大成殿为第二进。
孔庙建筑虽然不是南宋的了。但是里面收藏着唐至清代各类碑刻500多石，以此被纳入了国保。有帝王御笔、地方史料、名家法帖、人物画像、天文星图、水利图刻等，其中以宋高宗的《南宋石经》、贯休的《十六罗汉像刻石》、李公鳞的《孔子及其七十二弟子像刻石》以及五代的《五代石刻星象图》等最为闻名。
整个大殿的天花还遗存着大量清代晚期彩画，就在孔子和四配的头顶上。
《南宋太学石经》是杭州孔庙碑林的镇馆之宝，为宋高宗赵构和皇后吴氏手书，内容主要是儒家经典的“四书”和“五经”，相当于当时的官方标准教材。它是我国唯一留存至今的皇帝御书太学石经，在碑刻史上享有很高的声誉。
七朝石经分别为东汉熹平石经、三国曹魏正始石经、唐开成石经、五代孟蜀广政石经、北宋嘉祐石经、南宋绍兴石经、清乾隆石经。
之前在北京孔庙国子监见过乾隆石经。
这里的康熙谕旨碑是杭州最大的一块碑刻，高4.8米。
文昌阁里展示着镇馆之宝之一《十六罗汉像刻石》，共16石。清乾隆二十九年（1764）刻，唐末贯休画，乾隆书。每石刻罗汉像一尊，像之左上或右上刻罗汉位次和名号，其下刻乾隆根据梵典修改画上原罗汉位次和名号，每石还刻有乾隆为像作的题赞。此刻石原藏杭州孤山圣因寺罗汉堂，后移存至孔庙文昌阁。
